Le village est né au XIIe siècle lors de l’établissement d’un prieuré bâti par des moines bénédictins venus d’Ainay à Lyon. Les habitations, d’abord construites en bois, furent remplacées par des maisons en pierres à l’époque du développement commercial des XVe et XVIe siècles. St-Pierre-de-Clages était une étape importante sur la route entre Martigny et Sion ainsi qu’en témoignent plusieurs auberges dont l’activité en tant que relais de diligence ne se réduira qu’avec l’arrivée du chemin de fer au XIXe siècle.
L’histoire primitive du village est très mal connue. On cite bien ça et là des trouvailles de monnaies romaines ou d’autres objets anciens. On sait aussi, après les fouilles menées par l’archéologue François-Olivier Dubuis dans les années 1960, que l’église est bâtie sur des murs antérieurs, liés d’ailleurs à des tombes anciennes, mais on n’en connaît ni la destination ni la date…
Ce n’est qu’avec la construction de l’église et du prieuré que commence l’histoire documentée du site. On demeure cependant dans l’expectative quant à la motivation des moines de l’abbaye d’Ainay pour s’installer dans la contrée de Clages.
L’établissement du prieuré bénédictin a dû favoriser assez tôt le développement d’une communauté villageoise qui obtient même la permission de tenir des foires périodiques. Mais un sévère coup de frein est certainement donné lorsque Philippe, comte de Savoie (1268-1285), envisage de transférer ces foires au bourg voisin de Saillon, en 1271. Malgré cela, St-Pierre-de-Clages demeure une étape importante sur la route entre Martigny et Sion, ainsi qu’en témoignent plusieurs auberges, dont l’activité ne se réduira qu’avec l’arrivée du chemin de fer, au milieu du XIXe siècle.
Une dizaine de maisons, avec dépendances rurales, formaient ce village médiéval, qui ne s’agrandira notablement qu’à partir du XIXe siècle.
Aujourd’hui St-Pierre-de-Clages compte 800 habitants et se distingue par son église romane du XIIe siècle et ses maisons et XVIe et XVIIe.
Au centre d’une région touristique de renom, à proximité de stations réputées comme Verbier, Nendaz, Saillon, Ovronnaz ou Crans-Montana, à 15 km de Martigny et de Sion, villes d’art (Fondation Gianadda) et de musique (Festival Tibor Varga), St-Pierre-de-Clages abrite depuis 1993 le Village suisse du Livre.